Eu possuo aproximadamente umas 500 estações, sendo que como alguns são laboratórios de informática que não são usados constantemente, devo ter uns 200 simultâneos e ele dá conta. O limite de usuários pelo qual o endian dá conta depende mais do equipamento do que dele. A sua configuração deveria dar conta de pelo menos 250 clientes simultâneos sem problema (é o equivalente ao hardware do X2)
O uso do antivirus ou do filtro de conteúdo até fazem a página demorar mais a entrar, por que primeiro a página é carregada pelo endian que aí faz a verificação do conteúdo (por vírus ou por conteúdo impróprio) e somente depois disso libera a página. Isto faz com que a página demore mais a aparecer, mas em compensação quando ela aparece ele aparece muito mais rápido, sendo que como ela fica no cache o próximo usuário recebe a página quase que imediatamente.
Eu particularmente sou contra o uso do antivirus do endian, mas isso é apenas uma opinião. Também não curto o proxy transparente e distribuo o proxy através de políticas, auto-discovery, etc..
Como você não está tendo problemas de memória sendo descarregada no swap, o que eu posso recomendar aqui seria a realização de alguns testes para isolar o problema:
A) retire o proxy transparente e deixe as pessoas navegando pela web através do Endian mas sem proxy. Se você tiver problemas de desempenho neste cenário você tem algum problema com a sua rede (placa, cabo, switch, etc.). Neste cenário o endian não faz praticamente nada e uma configuração como a sua deveria dar conta de milhares de equipamentos sem problemas. O erro também pode ser na configuração básica do endian (IP, Gateway, DNS).
B) habilite novamente o proxy transparente, mas coloque na lista de exceções a sua rede inteira "Bypass transparent proxy from SUBNET/IP/MAC 192.168.0.0/16)" (os números são só um exemplo) Faça uma política de acesso irrestrito (sem antivirus nem filtro de conteúdo), coloque-a em primeiro lugar, permitindo acesso a toda a sua rede.
C) Divida a sua rede em subredes e coloque todas estas sub-redes no Bypass, e vá tirando uma de cada vez e veja o que ocorre com o comportamento delas. Caso ao acrescentar uma sub-rede apareça um problema, coloque-a novamente e retire outra sub-rede. Se isso resolver o problema está naquela sub-rede.
D) Se passou até aqui o problema deve ser o antivirus. Altere a política de acesso e coloque o antivirus e verifique.
Espero ter ajudado.