Para resolver o erro "Access Denied" em links de intranet tipo http://exemplo/ , mesmo que o link esteja na whitelist, resolvi da seguinte maneira.
No EFW vá em Proxy -> Access Policy -> Add Access Policy
Crie uma regra "Unfiltered access" "source" = "ANY" e em "destination" contendo os links da intranet que estão com problema e deixe em primeiro lugar.
Após feito isso o erro ao tentar acessar tais páginas mudará para:
"The domain name does not exist"
Acesse o EFW via SSH, edite o arquivo "/var/efw/proxy/custom.tmpl" e adicione a seguinte linha:
#################
append_domain .exemplo.com.br
#################
Onde .exemplo.com.br é o seu domínio. (Não esqueça do ponto no começo).